研究成果 公募研究班・研究成果

*Corresponding author, #These authors contributed equally to this work.
実線下線は研究代表者、点線下線は研究分担者

 
芦苅班 有村班 打田班 金岡班
川崎班 木羽班 木村班 西條班
寿崎班 関班 高橋班 竹澤班
永野班 野田口班 Buzas Group 藤井班
松下班 三浦班 山口班

芦苅班

  • -2017年-
    原著論文
    Bessho-Uehara, K., Furuta, T., Masuda, K., Yamada, S., Angeles-Shim, R., Ashikari, M., *Takashi, T. (2017) Construction of rice chromosome segment substitution lines harboring Oryza barthii genome and evaluation of yield-related traits. Breeding Science, in press.
    Gamuyao, R., Nagai, K., Ayano, M., Mori, Y., Minami, A., Kojima, M., Suzuki, T., Sakakibara, H., Higashiyama, T., Ashikari, M., *Reuscher, S. (2017) Hormone distribution and transcriptome profiles in bamboo shoots provide insights on bamboo stem emergence and growth. Plant Cell Physiol., 58, 702-716.
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28204696

有村班

  • -2017年-
    原著論文
    Nemoto, K., Ramadan, A., Arimura, G., Imai, K., Tomii, K., Shinozaki, K., Sawasaki, T. (2017) Tyrosine phosphorylation of GARU RING E3 ligase for gibberellin (GA) receptor regulates GA response. Nature Commun., in press.
    Ozawa, R., Endo, H., Iijima, M., Sugimoto, K., Takabayashi, T., Gotoh, T. and Arimura, G. (2017) Intraspecific variation among Tetranychid mites for ability to detoxify and to induce plant defenses. Sci. Rep., 7, 43200.
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28240222
    総説論文
    Yazaki, K., Arimura, G., Ohnishi, T. (2017) Hidden terpenoids in plants: their biosynthesis, localisation and ecological roles. Plant Cell Physiol., in press.
    英語著書
    Arimura, G. and Pearse, I. (2017) From the lab bench to the forest: ecology and defence mechanisms of volatile-mediated "talking trees." In "Advances in Botanical Research vol. 82. Communication between Plants, and between Plants and Other Organisms" edited by Becard, G. Elsevier, Amsterdam, the Netherland, 3-17.
    新聞ネット記事・テレビ報道
    フジサンケイビジネスアイ (2017年6月21日) よくわかるバイオ
    BSフジ「ガリレオX」(2017年6月11、18日) 植物が会話する!? 匂いで伝えるコミュニケーション
  • -2016年-
    日本語著書・解説
    *有村源一郎、林鎬俊、助川聖 (2016) 植物の香りと生態系ネットワーク、香料 272, 37-43.
    英語著書
    Arimura, G. and Maffei, M. E. (2016) Plant specialized metabolism: genomics, biochemistry, and biological functions. CRC Press, Boca Raton, FL, USA, 376.
    Arimura, G. and Maffei, M. E. (2016) Introduction to plant specialized metabolism. In "Plant Specialized Metabolism: Genomics, Biochemistry, and Biological Functions" edited by Arimrua, G. and Maffei, M.E. CRC Press, 1-7.
    Arimura, G., Matsui, K., Koeduka, T., Holopainen, J.K. (2016) Biosynthesis and regulation of plant volatiles, and their functional roles in ecosystem interactions and global environmental changes. In "Plant Specialized Metabolism: Genomics, Biochemistry, and Biological Functions" edited by Arimrua, G. and Maffei, M.E. CRC Press, 185-237.

打田班

  • -2017年-
    原著論文
    Ziadi, A., Uchida, N., Kato, H., Hisamatsu, R., Sato, A., Hagihara, S., *Itami, K., and *Torii, K. U. (2017) Discovery of synthetic small molecules that enhance the number of stomata: C-H functionalization chemistry for plant biology. Chem. Commun., in press.
    Hirakawa, Y., Shinohara, H., Welke, K., Irle, S., Matsubayashi, Y., *Torii, K. U. and *Uchida, N. (2017) Cryptic bioactivity capacitated by synthetic hybrid plant peptides. Nat. Commun., 8, 14318 (7 pages). [プレスリリース]
    http://www.nature.com/articles/ncomms14318
    Ikematsu, S., Tasaka, M., *Torii, K. U. and *Uchida, N. (2017) ERECTA-family receptor kinase genes redundantly prevent premature progression of secondary growth in the Arabidopsis hypocotyl. New Phytol., 213, 1697-1709.
    http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/nph.14335/abstract
    総説論文
    *Hirakawa, Y., *Torii, K. U. and *Uchida, N. (2017) Mechanisms and strategies shaping plant peptide hormones. Plant Cell Physiol., 58, 1313-1318.
    https://academic.oup.com/pcp/article-lookup/doi/10.1093/pcp/pcx069
    Tameshige, T., Ikematsu, S., *Torii, K. U. and *Uchida, N. (2017) Stem development through vascular tissues: EPFL-ERECTA family signaling that bounces in and out of phloem. J. Exp. Bot., 68, 45-53.
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=27965367
    プレスリリース
    植物のかたちを決める新しい鍵物質をつくる~ゲノム配列を利用した多機能性人口ペプチドホルモンの創出~(2017年2月6日)
    http://www.nagoya-u.ac.jp/about-nu/public-relations/researchinfo/upload_images/20170206_itbm.pdf

川崎班

  • -2017年-
    原著論文
    #Yamada, K., #Yamaguchi, K., Yoshimura, S., Terauchi, A., and Kawasaki, T. (2017) Conservation of chitin-induced MAPK signaling pathways in rice and Arabidopsis. Plant Cell Physiol., 58, 993-1002.
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28371870

木羽班

  • -2017年-
    原著論文
    Pudasaini, A., Shim, J. S., Song, Y. H., Shi, H., Kiba, T., Somers, D. E., Imaizumi, T., and *Zoltowski, D. E. (2017) Kinetics of the LOV domain of ZEITLUPE determine its circadian function in Arabidopsis. eLIFE, 6, e21646 (27 pages).
    https://elifesciences.org/articles/21646#abstract
    Osugi, O., Kojima, M., Takebayashi, Y., Ueda, N., Kiba, T., and *Sakakibara, H. (2017) Systemic transport of trans-zeatin and its precursor have differing roles in Arabidopsis shoots. Nature Plants, 3 , 17112. [プレスリリース]
    https://www.nature.com/articles/nplants2017112
    #Spallek, T., #Melnyk, C., W., Wakatake, T., Zhang, J., Sakamoto, Y., Kiba, T., Yoshida, S., Matsunaga, S., Sakakibara, H. and *Shirasu, K. (2017) Inter-species hormonal control of host root morphology by parasitic plants. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 114, 5283-5288.
    http://www.pnas.org/content/early/2017/04/27/1619078114.full.pdf
            
    プレスリリース
    サイトカイニン輸送による植物成長促進制御の新たなしくみを発見 (2017年7月25日)
    http://www.nagoya-u.ac.jp/about-nu/public-relations/researchinfo/upload_images/20170725_agr_2.pdf
  • -2016年-
    原著論文
    *Takatoshi Kiba and Rossana Henriques (2016) Assessing protein stability under different light and circadian conditions. Methods Mol. Biol., 398, 141-152.
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26867622
    *Norihito Nakamichi, Saori Takao, Toru Kudo, Takatoshi Kiba, Yin Wang, Toshinori Kinoshita, and Hitoshi Sakakibara (2016) Improvement of Arabidopsis biomass and cold-, drought-, and salinity-stress tolerance by modified circadian clock-associated PSEUDO-RESPONSE REGULATORs. Plant Cell Physiol., 57, 1085-1097.
    http://pcp.oxfordjournals.org/content/57/5/1085.long
    総説論文
    *Takatoshi Kiba and *Anne Krapp (2016) Plant nitrogen acquisition under low availability: regulation of uptake and root architecture. Plant Cell Physiol., 57, 707-714.
    http://pcp.oxfordjournals.org/content/57/4/707.full?sid=2e7034da-c8fb-496b-b1ef-fa15bf698b86
    日本語著書・解説
    榊原均、木羽隆敏(2016)C4モデル植物Staria viridisの研究ツールの整備、植物科学の最前線、BSJ Review 7, 42-46.
    木羽隆敏、榊原均(2016)サイトカイニンの生合成と輸送、植物の生長調節 51, 24-29.

木村班

  • -2017年-
    原著論文
    Kawakatsu, Y., Nakayama, H., Kaminoyama, K., Igarashi, K., Yasugi, M., Kudoh, H., Nagano A. J, Yano K, Kubo N, and Kimura, S. (2017) A GLABRA1 ortholog on LG A9 controls trichome number in the Japanese leafy vegetables Mizuna and Mibuna (Brassica rapa subsp. Nipposinicai L. H. Bailey): evidence from QTL analysis. Journal of Plant Research, 130, 539-550.
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28258381
  • -2016年-
    日本語著書・解説
    坂本智昭、*木村成介(2016)Rorippa aquatica遺伝子情報データベースの構築、京都産業大学総合学術研究所報 11, 105-113.
    天野瑠美、坂本智昭、*木村成介(2016)アブラナ科植物Rorippa aquaticaにみられる葉断面からの栄養繁殖条件の検討、京都産業大学総合学術研究所報 11, 115-121.

西條班

  • -2017年-
    原著論文
    Ariga, H., Katori, T., Tsuchimatsu, T., Hirase, T., Tajima, Y., Parker, J. E., Alcázar R, Koornneef, M., Hoekenga, O., Lipka, A. E., Gore, M. A., Sakakibara, H., Kojima, M., Kobayashi, Y., Iuchi, S., Kobayashi, M., Shinozaki, K., Sakata, Y., Hayashi, T., Saijo, Y. and *Taji, T. (2017) NLR locus-mediated trade-off between abiotic and biotic stress adaptation in Arabidopsis.Nature Plants, 3, 17072. [プレスリリース][新聞ネット記事]
    https://www.nature.com/articles/nplants201772
    Yasuda, S., Okada, K., and *Saijo, Y. (2017) A look at plant immunity through the window of the multitasking coreceptor BAK1. Curr. Opin. Plant Biol., 38, 10-18.
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28458047
    プレスリリース
    植物の環境適応の過程で「水を取るか、病害菌から身を守るか」決め手となった仕組みを解明 (2017年5月29日)
    http://www.naist.jp/pressrelease/2017/05/003797.html
    新聞ネット記事・テレビ報道
    農業協同組合新聞 電子版(2017年6月2日)水を取るか、病害菌から身を守るか 決め手となる植物の遺伝子を発見
    http://www.jacom.or.jp/saibai/news/2017/06/170602-32805.php
    日本経済新聞 朝刊8面(2017年6月1日)
    毎日新聞 電子版(2017年5月29日)植物の環境適応の過程で「水を取るか、病害菌から身を守るか」決め手となった仕組みを解明 - 東京農業大学(Digital PR Platform)
    https://mainichi.jp/articles/20170529/pls/00m/020/250000c

寿崎班

  • -2016年-
    原著論文
    Nishida, H., Handa, Y., Tanaka, S., *Suzaki, T. and *Kawaguchi, M. (2016) Expression of the CLE-RS3 gene suppresses root nodulation in Lotus japonicus. J. Plant Res., 129, 909-919.
    http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs10265-016-0842-z
    Pfeiffer, A., Janocha, D., Dong, Y., Medzihradszky, A., Schöne, S., Daum, G.,Suzaki, T., Forner, J., Langenecker, T., Rempel, E., Schmid, M., Wirtz, M., Hell, R., and *Lohmann, J.U. (2016) Integration of light and metabolic signals for stem cell activation at the shoot apical meristem. eLife, 5, e17023 (21 pages).
    https://elifesciences.org/content/5/e17023
    日本語著書・解説
    寿崎拓哉、西田帆那 (2016) 根粒形成における負の制御系、BSJ Review 7E, 230-240.

関班

  • -2017年-
    原著論文
    Matsui, A., Iida, K., Tanaka, M., Yamaguchi, K., Mizunashi, K., Kim, J. M., Takahashi, S., Kobayashi, N., Shigenobu, S., Shinozaki, K. and *Seki, M. (2017) Novel stress-inducible antisense RNAs of protein-coding loci are synthesized by Arabidopsis RDRs. Plant Physiol., in press.
    Nguyen, H. M., Sako, K., Matsui, A., Suzuki, Y., Mostofa, M. G., Ha, C. V., Tanaka, M., Tran, L. S. P., Habu, Y. and *Seki, M. (2017) Ethanol enhances high-salinity stress tolerance by detoxifying reactive oxygen species in Arabidopsis thaliana and rice. Front. Plant Sci., 8, 1001 (10 pages). [プレスリリース][新聞ネット記事]
    http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fpls.2017.01001/full
    #*Kim, J. M., #To, K. T., Matsui, A., Tanoi, K., Kobayashi, N., Matsuda, F., Habu, Y., Ogawa, D., Sakamoto, T., Matsunaga, S., Bashir, K., Rasheed, S., Ando, M., Takeda, H., Kawaura, K., Kusano, M., Fukushima, A., Endo, T., Kuromori, T., Ishida, J., Morosawa, T., Tanaka, M., Torii, C., Takebayashi, Y., Sakakibara, H., Ogihara, Y., Saito, K., Shinozaki, K., Devoto, A., and *Seki, M. (2017) Acetate-mediated novel survival strategy against drought in plants. Nature Plants, 3, 17097 (7 pages). [プレスリリース][新聞ネット記事]
    https://www.nature.com/articles/nplants201797
    Nguyen, C. C., Nakaminami, K., Matsui, A., Watanabe, S., Kanno, Y., Seo, M. and *Seki, M. (2017) Overexpression of oligouridylate binding protein 1b results in ABA hypersensitivity. Plant Signal. Behav., 12, e1282591.
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28112571
    Patanun, O., Ueda, M., Itouga, M., Kato, Y., Utsumi, Y., Matsui, A., Tanaka, M., Utsumi, C., Sakakibara, H., Yoshida, M., Narangajavana, J., and *Seki, M. (2017) The histone deacetylase inhibitor suberoylanilide hydroxamic acid alleviates salinity stress in cassava. Front. Plant Sci, 7, 2039.
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5220070/
    #Kurita,K., #Sakamoto,T., Yagi, N., Sakamoto, Y., Ito, A., Nishino, N., Sako,K., Yoshida, M., Kimura, H., Seki, M. and *Matsunaga, S. (2017) Live imaging of H3K9 acetylation in plant cells. Sci. Rep., 7, 45894 (9 pages).
    https://www.nature.com/articles/srep45894
    英語著書
    Nakaminami, K. and Seki, M. (2017) RNA regulation in plant cold stress response. In "Survival Strategies in Extreme Cold and Desiccation: Adaptation Mechanisms and their Application" edited by Drs. Mari Iwaya-Inoue, Matsuo Uemura and Minoru Sakurai. Springer Japan, in press.
    Bashir, K., Rasheed, S., Matsui, A., Iida, K., Tanaka, M. and *Seki, M. (2017) Monitoring transcriptomic changes in soil-grown roots and shoots of Arabidopsis thaliana subjected to a progressive drought stress. In "Methods in Molecular Biology - Root Development" edited by Drs. Elke Barbez and Daniela Ristova, in press.
    プレスリリース
    植物の新しい環境ストレス適応機構の発見 -環境ストレス下でアンチセンスRNAがセンスRNA分解を促進- (2017年8月1日)
    http://www.riken.jp/pr/press/2017/20170801_1/
    エタノールが植物の耐塩性を高めることを発見 ~かんがい農地で農作物の収量増産に期待~ (2017年7月3日)
    https://www.jst.go.jp/pr/announce/20170703/index.html
    植物に酢酸を与えると乾燥に強くなるメカニズムを発見 ~遺伝子組み換え植物に頼らない干ばつ被害軽減に期待~ (2017年6月27日)
    https://www.jst.go.jp/pr/announce/20170627/index.html
    新聞ネット記事・テレビ報道
    日本経済新聞web (2017年7月3日) 理研、エタノールが植物の耐塩性を高めることを発見
    http://www.nikkei.com/article/DGXLRSP449986_T00C17A7000000/
    日本経済新聞web (2017年6月27日) 理研など、植物に酢酸を与えると乾燥に強くなるメカニズムを発見
    http://www.nikkei.com/article/DGXLRSP449278_X20C17A6000000/

高橋班

  • -2017年-
    原著論文
    Kidokoro, S., Yoneda, K., Takasaki, H., Takahashi, F., Shinozaki, K., and *Shinozaki, K. Y. (2017) Different cold-signaling pathways function in the responses to rapid and gradual decreases in temperature. Plant Cell, in press.
    http://www.plantcell.org/content/early/2017/03/28/tpc.16.00669
    Soma, F., Mogami, J., Yoshida, T., Abekura, M., Takahashi, F., Kidokoro, S., Mizoi, J., Shinozaki, K., and *Shinozaki, K. Y. (2017) ABA-unresponsive SnRK2 protein kinases regulate mRNA decay under osmotic stress in plants. Nat. Plants, 3, 16204.
    https://www.nature.com/articles/nplants2016204
  • -2016年-
    原著論文
    Ohama, N., Kusakabe, K., Mizoi, J., Zhao, H., Kidokoro, S., Koizumi, S., Takahashi, F., Ishida, T., Yanagisawa, S., Shinozaki, K., and *Shinozaki, K. Y. (2016) The transcriptional cascade in the heat stress response of Arabidopsis is strictly regulated at the level of transcription factor expression. Plant Cell, 28, 181-201.
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26715648

竹澤班

  • -2016年-
    原著論文
    Ghosh, T. K., Kaneko, M., Akter, K., Murai, S., Komatsu, K., Ishizaki, K., Yamato, T. K., Kohchi, T. and *Takezawa, D. (2016) Abscisic acid-induced gene expression in the liverwort Marchantia polymorpha is mediated by evolutionarily conserved promoter elements. Physiol. Plant., 156, 407-420.
    http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/ppl.12385/pdf

永野班

  • -2017年-
    原著論文
    Iwayama, K., Aisaka, Y., Kutsuna, N., *Nagano, A. J. (2017) FIT: Statistical modeling tool for transcriptome dynamics under fluctuating field conditions. Bioinformatics, 33, 1672-1680.
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28158396
  • -2016年-
    原著論文
    #*Hoshino, A., #Jayakumar, V., Nitasaka, E., Toyoda, A., Noguchi, H., Itoh, T., Shin-I, T., Minakuchi, Y., Koda, Y., Nagano, A. J., Yasugi, M., Honjo, M., Kudoh, H., Seki, M., Kamiya, A., Shiraki, T., Carninci, P., Asamizu, E., Nishide, H., Tanaka, S., Park, K.I., Morita, Y., Yokoyama, K., Uchiyama, I., Tanaka, Y., Tabata, S., Shinozaki, K., Hayashizaki, Y., Kohara, Y., Suzuki, Y., Sugano, S., Fujiyama, A., Iida, S. and *Sakakibara, Y. (2016) Genome sequence and analysis of the Japanese morning glory Ipomoea nil. Nat. Commun., 7, 13295. (10 pages) [プレスリリース][新聞ネット記事]
    http://www.nature.com/articles/ncomms13295
    プレスリリース
    アサガオの全ゲノム解読 ~アサガオの学術研究100年目のイノベーション~ (2016年11月8日)
    http://www.nibb.ac.jp/press/2016/11/08.html
    新聞ネット記事・テレビ報道
    朝日新聞 (2016年10月20日) 科学 ミチを開く 植物の遺伝子の働きを予測?気温など気象環境と深い関わり
    (以下、すべてアサガオゲノムについて)
    日経産業新聞 (2016年11月10日)
    財経新聞Web (2016年11月10日)
    NiftyニュースWeb (2016年11月10日)
    毎日新聞 (2016年11月9日)
    日本経済新聞 (2016年11月9日)
    毎日新聞Web (2016年11月9日)
    日本経済新聞Web (2016年11月9日)
    人民日報日中新聞Web (2016年11月9日)
    朝日新聞Web (2016年11月9日)
    マイナビ (2016年11月9日)
    Bioscience Technology (2016年11月9日)
    東海愛知新聞 (2016年11月9日)
    読売新聞 (2016年11月9日)
    中日新聞 (2016年11月9日)
    朝日新聞 (2016年11月9日)
    船場経済新聞Web (2016年11月9日)
    ヨコハマ経済新聞Web (2016年11月9日)
    北海道新聞Web (2016年11月8日)
    北日本新聞Web (2016年11月8日)
    南日本新聞Web (2016年11月8日)
    東京新聞Web (2016年11月8日)
    中日新聞Web (2016年11月8日)
    中国新聞Web (2016年11月8日)
    秋田魁新報Web (2016年11月8日)
    産経フォトWeb (2016年11月8日)
    山陰新聞Web (2016年11月8日)
    高知新聞Web (2016年11月8日)
    熊本日日新聞Web (2016年11月8日)
    共同通信 (2016年11月8日)
    京都新聞Web (2016年11月8日)
    岩手日報Web (2016年11月8日)
    jiji通信 (2016年11月8日)
    YAHOO!ニュース (2016年11月8日)
    Technobahn Web (2016年11月8日)
    ScienceDaily Web (2016年11月8日)
    PHYS-ORG Web (2016年11月8日)
    Health Medicine Web (2016年11月8日)
    EurekAiert! Web (2016年11月8日)
    静岡新聞Web (2016年11月8日)
    山陽中央新報Web (2016年11月8日)
    福島民報Web (2016年11月8日)
    日本海新聞Web (2016年11月8日)
    新潟日報Web (2016年11月8日)
    大阪日日新聞Web (2016年11月8日)

野田口班

Buzas Group

  • -2016年-
    原著論文
    *Buzas, DM. (2016) Emerging links between iron sulfur clusters and 5 methyl cytosine base excision repair in plants. Genes and Genetics Systems, 91, 51-62.
    https://www.jstage.jst.go.jp/article/ggs/91/2/91_16-00015/_article
    Nishio, H, *Buzas DM, Nagano, AJ, Suzuki Y, Sugano S, Ito M, Morinaga SI, *Kudoh H. (2016) From the laboratory to the field: assaying histone methylation at FLOWERING LOCUS C in naturally growing Arabidopsis halleri. Genes and Genetics Systems, 91, 15-26.
    https://www.jstage.jst.go.jp/article/ggs/91/1/91_15-00071/_article
    プレスリリース
    Center for Ecological Research, University of Kyoto Newsletter No. 133, July 2016 *Buzas, DM, Ecological study of epigenetic memory of winter in crucifers

藤井班

三浦班

  • -2017年-
    原著論文
    Shimatani, Z., Kashojiya, S., Takayama, M., Terada, R., Arazoe, T., Ishii, H., Teramura, H., Yamamoto, T., Komatsu, H., Miura, K., Ezura, H., Nishida, K., Ariizumi, T., and Kondo, A. (2017) Targeted base editing in rice and tomato using a CRISPR-Cas9 cytidine deaminase fusion. Nat. Biotechnol., 35, 441-443.
    http://www.nature.com/nbt/journal/v35/n5/abs/nbt.3833.html?lang=en
  • -2016年-
    原著論文
    Lin XL, Niu D, Hu ZL, Kim DH, Jin YH, Cai B, Liu P, Miura K, Yun DJ, Kim WY, Lin R, and *Jin JB (2016) An Arabidopsis SUMO E3 ligase, SIZ1 negatively regulates photomorphogenesis by promoting COP1 activity. PLoS Genet. 12, e1006016.
    http://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1006016
    *Kitajima, S., *Miura, K., Aoki, W., Yamato, K. T., Taira, T., Murakami, R., and Aburaya, S. (2016) Transcriptome and proteome analyses provide insight into laticifer's defense of Euphorbia tirucalli against pests. Plant Physiol. Biochem., 108, 434-446.
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27566924