研究成果 公募研究班・研究成果

*Corresponding author, #These authors contributed equally to this work.
実線下線は研究代表者、点線下線は研究分担者

 
芦苅班 有村班 打田班 金岡班
川崎班 木羽班 木村班 西條班
寿崎班 関班 高橋班 竹澤班
永野班 野田口班 Buzas Group 藤井班
松下班 三浦班 山口班

芦苅班

  • -2017年-
    原著論文
    Bessho-Uehara, K., Furuta, T., Masuda, K., Yamada, S., Angeles-Shim, R., Ashikari, M., *Takashi, T. (2017) Construction of rice chromosome segment substitution lines harboring Oryza barthii genome and evaluation of yield-related traits. Breeding Science, in press.
    Gamuyao, R., Nagai, K., Ayano, M., Mori, Y., Minami, A., Kojima, M., Suzuki, T., Sakakibara, H., Higashiyama, T., Ashikari, M., *Reuscher, S. (2017) Hormone distribution and transcriptome profiles in bamboo shoots provide insights on bamboo stem emergence and growth. Plant Cell Physiol., 58, 702-716.
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28204696

有村班

  • -2018年-
    日本語著書・解説
    有村源一郎、西原昌宏(2018)香りと色は植物の「武器」である、ペレ出版、印刷中
  • -2017年-
    原著論文
    Nemoto, K., Ramadan, A., Arimura, G., Imai, K., Tomii, K., Shinozaki, K., and Sawasaki, T. (2017) Tyrosine phosphorylation of the GARU E3 ubiquitin ligase promotes gibberellin signalling by preventing GID1 degradation. Nature Commun., 8, 1004. (15 pages)[プレスリリース]
    https://www.nature.com/articles/s41467-017-01005-5
    Ozawa, R., Endo, H., Iijima, M., Sugimoto, K., Takabayashi, T., Gotoh, T. and Arimura, G. (2017) Intraspecific variation among Tetranychid mites for ability to detoxify and to induce plant defenses. Sci. Rep., 7, 43200.
    https://www.nature.com/articles/srep43200
    総説論文
    Yazaki, K., Arimura, G., Ohnishi, T. (2017) 'Hidden' terpenoids in plants: their biosynthesis, localisation and ecological roles. Plant Cell Physiol., 58, 1615-1621.
    https://academic.oup.com/pcp/article/58/10/1615/4096626
    英語著書
    Arimura, G. and Pearse, I. (2017) From the lab bench to the forest: ecology and defence mechanisms of volatile-mediated "talking trees." In "Advances in Botanical Research vol. 82. Communication between Plants, and between Plants and Other Organisms" edited by Becard, G. Elsevier, Amsterdam, the Netherland, 3-17.
    プレスリリース
    チロシンリン酸化によるジベレリン応答の新しい制御機構を発見 - 高塩濃度環境下で植物種子が発芽できない機構が明らかに - (2017年10月13日)
    https://www.ehime-u.ac.jp/wp-content/uploads/2017/10/45cda28f9ffe80203ff5ce56b2cb6528.pdf
    新聞ネット記事・テレビ報道
    フジサンケイビジネスアイ (2017年6月21日) よくわかるバイオ
    BSフジ「ガリレオX」(2017年6月11、18日) 植物が会話する!? 匂いで伝えるコミュニケーション
  • -2016年-
    日本語著書・解説
    *有村源一郎、林鎬俊、助川聖 (2016) 植物の香りと生態系ネットワーク、香料 272, 37-43.
    英語著書
    Arimura, G. and Maffei, M. E. (2016) Plant specialized metabolism: genomics, biochemistry, and biological functions. CRC Press, Boca Raton, FL, USA, 376.
    Arimura, G. and Maffei, M. E. (2016) Introduction to plant specialized metabolism. In "Plant Specialized Metabolism: Genomics, Biochemistry, and Biological Functions" edited by Arimrua, G. and Maffei, M.E. CRC Press, 1-7.
    Arimura, G., Matsui, K., Koeduka, T., Holopainen, J.K. (2016) Biosynthesis and regulation of plant volatiles, and their functional roles in ecosystem interactions and global environmental changes. In "Plant Specialized Metabolism: Genomics, Biochemistry, and Biological Functions" edited by Arimrua, G. and Maffei, M.E. CRC Press, 185-237.

打田班

川崎班

木羽班

  • -2017年-
    原著論文
    Pudasaini, A., Shim, J. S., Song, Y. H., Shi, H., Kiba, T., Somers, D. E., Imaizumi, T., and *Zoltowski, D. E. (2017) Kinetics of the LOV domain of ZEITLUPE determine its circadian function in Arabidopsis. eLIFE, 6, e21646 (27 pages).
    https://elifesciences.org/articles/21646#abstract
    Osugi, O., Kojima, M., Takebayashi, Y., Ueda, N., Kiba, T., and *Sakakibara, H. (2017) Systemic transport of trans-zeatin and its precursor have differing roles in Arabidopsis shoots. Nature Plants, 3 , 17112. [プレスリリース]
    https://www.nature.com/articles/nplants2017112
    #Spallek, T., #Melnyk, C., W., Wakatake, T., Zhang, J., Sakamoto, Y., Kiba, T., Yoshida, S., Matsunaga, S., Sakakibara, H. and *Shirasu, K. (2017) Interspecies hormonal control of host root morphology by parasitic plants. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 114, 5283-5288.
    http://www.pnas.org/content/114/20/5283
    プレスリリース
    サイトカイニン輸送による植物成長促進制御の新たなしくみを発見 (2017年7月25日)
    http://www.nagoya-u.ac.jp/about-nu/public-relations/researchinfo/upload_images/20170725_agr_2.pdf
  • -2016年-
    原著論文
    *Takatoshi Kiba and Rossana Henriques (2016) Assessing protein stability under different light and circadian conditions. Methods Mol. Biol., 398, 141-152.
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26867622
    *Norihito Nakamichi, Saori Takao, Toru Kudo, Takatoshi Kiba, Yin Wang, Toshinori Kinoshita, and Hitoshi Sakakibara (2016) Improvement of Arabidopsis biomass and cold-, drought-, and salinity-stress tolerance by modified circadian clock-associated PSEUDO-RESPONSE REGULATORs. Plant Cell Physiol., 57, 1085-1097.
    http://pcp.oxfordjournals.org/content/57/5/1085.long
    総説論文
    *Takatoshi Kiba and *Anne Krapp (2016) Plant nitrogen acquisition under low availability: regulation of uptake and root architecture. Plant Cell Physiol., 57, 707-714.
    http://pcp.oxfordjournals.org/content/57/4/707.full?sid=2e7034da-c8fb-496b-b1ef-fa15bf698b86
    日本語著書・解説
    榊原均、木羽隆敏(2016)C4モデル植物Staria viridisの研究ツールの整備、植物科学の最前線、BSJ Review 7, 42-46.
    木羽隆敏、榊原均(2016)サイトカイニンの生合成と輸送、植物の生長調節 51, 24-29.

木村班

  • -2018年-
    原著論文
    #Uchida, N., #Takahashi, K., Iwasaki, R., Yamada, R., Yoshimura, M., Endo, T. A., Kimura, S., Zhang, H., Nomoto, M., Tada, Y., Kinoshita, T., Itami, K., *Hagihara, S., and *Torii, K. U. (2018) Chemical hijacking of auxin signaling with an engineered auxin-TIR1 pair. Nat. Chem. Biol., in press.
    https://www.nature.com/articles/nchembio.2555
  • -2016年-
    日本語著書・解説
    坂本智昭、*木村成介(2016)Rorippa aquatica遺伝子情報データベースの構築、京都産業大学総合学術研究所報 11, 105-113.
    天野瑠美、坂本智昭、*木村成介(2016)アブラナ科植物Rorippa aquaticaにみられる葉断面からの栄養繁殖条件の検討、京都産業大学総合学術研究所報 11, 115-121.

西條班

  • -2018年-
    総説論文
    *Saijo, Y., Loo, E. P., and Yasuda, S. (2018) Pattern recognition receptors and signaling in plant-microbe interactions. Plant J., in press.

寿崎班

    • -2016年-
      原著論文
      Nishida, H., Handa, Y., Tanaka, S., *Suzaki, T. and *Kawaguchi, M. (2016) Expression of the CLE-RS3 gene suppresses root nodulation in Lotus japonicus. J. Plant Res., 129, 909-919.
      http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs10265-016-0842-z
      Pfeiffer, A., Janocha, D., Dong, Y., Medzihradszky, A., Schöne, S., Daum, G.,Suzaki, T., Forner, J., Langenecker, T., Rempel, E., Schmid, M., Wirtz, M., Hell, R., and *Lohmann, J.U. (2016) Integration of light and metabolic signals for stem cell activation at the shoot apical meristem. eLife, 5, e17023 (21 pages).
      https://elifesciences.org/content/5/e17023
      日本語著書・解説
      寿崎拓哉、西田帆那 (2016) 根粒形成における負の制御系、BSJ Review 7E, 230-240.

    関班

    • -2018年-
      英語著書
      *Nakaminami, K. and Seki, M. (2018) RNA regulation in plant cold stress response. In "Survival Strategies in Extreme Cold and Desiccation: Adaptation Mechanisms and their Application" edited by Drs. Iwaya-Inoue, M., Uemura, M. and Sakurai, M. Springer Japan, in press.
      Matsui, A. and *Seki, M. (2018) Analysis of lncRNAs in plant abiotic stress responses. In "Methods in Molecular Biology - Plant lncRNAs -" edited by Drs. Chekanova, J. and Wang, H. L. Springer, in press.

    高橋班

    • -2018年-
      英語著書
      Takahashi, F., Kuromori, T., Sato, H., and *Shinozaki, K. (2018) Regulatory gene networks in drought stress responses and resistance in plants. In "Survival strategies in extreme cold and desiccation: Adaptation mechanisms and their application" edited by Iwaya-Inoue, M., Sakurai, M., and Uemura, M. Springer, Chapter 12, in press.
    • -2017年-
      原著論文
      #Morimoto, K., #Ohama. N., Kidokoro, S., Mizoi, J., Takahashi, F., Todaka, D., Mogami, J., Sato, H., Qin, F., Kim, J. S., Fukao, Y., Fujiwara, M., Shinozaki, K., and *Shinozaki, K. Y. (2017) BPM-CUL3 E3 ligase modulates thermotolerance by facilitating negative regulatory domain-mediated degradation of DREB2A in Arabidopsis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 114, E8528-E8536.
      http://www.pnas.org/content/114/40/E8528.full
      Kidokoro, S., Yoneda, K., Takasaki, H., Takahashi, F., Shinozaki, K., and *Shinozaki, K. Y. (2017) Different cold-signaling pathways function in the responses to rapid and gradual decreases in temperature. Plant Cell, in press.
      http://www.plantcell.org/content/early/2017/03/28/tpc.16.00669
      #Soma, F., #Mogami, J., Yoshida, T., Abekura, M., Takahashi, F., Kidokoro, S., Mizoi, J., Shinozaki, K., and *Shinozaki, K. Y. (2017) ABA-unresponsive SnRK2 protein kinases regulate mRNA decay under osmotic stress in plants. Nat. Plants, 3, 16204.
      https://www.nature.com/articles/nplants2016204
    • -2016年-
      原著論文
      Ohama, N., Kusakabe, K., Mizoi, J., Zhao, H., Kidokoro, S., Koizumi, S., Takahashi, F., Ishida, T., Yanagisawa, S., Shinozaki, K., and *Shinozaki, K. Y. (2016) The transcriptional cascade in the heat stress response of Arabidopsis is strictly regulated at the level of transcription factor expression. Plant Cell, 28, 181-201.
      https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26715648

    竹澤班

    • -2016年-
      原著論文
      Ghosh, T. K., Kaneko, M., Akter, K., Murai, S., Komatsu, K., Ishizaki, K., Yamato, T. K., Kohchi, T. and *Takezawa, D. (2016) Abscisic acid-induced gene expression in the liverwort Marchantia polymorpha is mediated by evolutionarily conserved promoter elements. Physiol. Plant., 156, 407-420.
      http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/ppl.12385/pdf

    永野班

    • -2017年-
      原著論文
      Iwayama, K., Aisaka, Y., Kutsuna, N., *Nagano, A. J. (2017) FIT: Statistical modeling tool for transcriptome dynamics under fluctuating field conditions. Bioinformatics, 33, 1672-1680.
      https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28158396
      日本語著書・解説
      永野惇、佐藤昌直(2017)植物-微生物の見えない相互作用を観る:現在と未来、BSJ-Review、8A、1-3.
      神谷麻梨、永野惇、本庄三恵、工藤洋(2017)野生植物とウイルスの見えない相互作用をRNA-Seqで観る、BSJ-Review、8A、12-21.
    • -2016年-
      原著論文
      #*Hoshino, A., #Jayakumar, V., Nitasaka, E., Toyoda, A., Noguchi, H., Itoh, T., Shin-I, T., Minakuchi, Y., Koda, Y., Nagano, A. J., Yasugi, M., Honjo, M., Kudoh, H., Seki, M., Kamiya, A., Shiraki, T., Carninci, P., Asamizu, E., Nishide, H., Tanaka, S., Park, K.I., Morita, Y., Yokoyama, K., Uchiyama, I., Tanaka, Y., Tabata, S., Shinozaki, K., Hayashizaki, Y., Kohara, Y., Suzuki, Y., Sugano, S., Fujiyama, A., Iida, S. and *Sakakibara, Y. (2016) Genome sequence and analysis of the Japanese morning glory Ipomoea nil. Nat. Commun., 7, 13295. (10 pages) [プレスリリース][新聞ネット記事]
      http://www.nature.com/articles/ncomms13295
      プレスリリース
      アサガオの全ゲノム解読 ~アサガオの学術研究100年目のイノベーション~ (2016年11月8日)
      http://www.nibb.ac.jp/press/2016/11/08.html
      新聞ネット記事・テレビ報道
      朝日新聞 (2016年10月20日) 科学 ミチを開く 植物の遺伝子の働きを予測?気温など気象環境と深い関わり
      (以下、すべてアサガオゲノムについて)
      日経産業新聞 (2016年11月10日)
      財経新聞Web (2016年11月10日)
      NiftyニュースWeb (2016年11月10日)
      毎日新聞 (2016年11月9日)
      日本経済新聞 (2016年11月9日)
      毎日新聞Web (2016年11月9日)
      日本経済新聞Web (2016年11月9日)
      人民日報日中新聞Web (2016年11月9日)
      朝日新聞Web (2016年11月9日)
      マイナビ (2016年11月9日)
      Bioscience Technology (2016年11月9日)
      東海愛知新聞 (2016年11月9日)
      読売新聞 (2016年11月9日)
      中日新聞 (2016年11月9日)
      朝日新聞 (2016年11月9日)
      船場経済新聞Web (2016年11月9日)
      ヨコハマ経済新聞Web (2016年11月9日)
      北海道新聞Web (2016年11月8日)
      北日本新聞Web (2016年11月8日)
      南日本新聞Web (2016年11月8日)
      東京新聞Web (2016年11月8日)
      中日新聞Web (2016年11月8日)
      中国新聞Web (2016年11月8日)
      秋田魁新報Web (2016年11月8日)
      産経フォトWeb (2016年11月8日)
      山陰新聞Web (2016年11月8日)
      高知新聞Web (2016年11月8日)
      熊本日日新聞Web (2016年11月8日)
      共同通信 (2016年11月8日)
      京都新聞Web (2016年11月8日)
      岩手日報Web (2016年11月8日)
      jiji通信 (2016年11月8日)
      YAHOO!ニュース (2016年11月8日)
      Technobahn Web (2016年11月8日)
      ScienceDaily Web (2016年11月8日)
      PHYS-ORG Web (2016年11月8日)
      Health Medicine Web (2016年11月8日)
      EurekAiert! Web (2016年11月8日)
      静岡新聞Web (2016年11月8日)
      山陽中央新報Web (2016年11月8日)
      福島民報Web (2016年11月8日)
      日本海新聞Web (2016年11月8日)
      新潟日報Web (2016年11月8日)
      大阪日日新聞Web (2016年11月8日)

    野田口班

    Buzas Group

    • -2016年-
      原著論文
      *Buzas, DM. (2016) Emerging links between iron sulfur clusters and 5 methyl cytosine base excision repair in plants. Genes and Genetics Systems, 91, 51-62.
      https://www.jstage.jst.go.jp/article/ggs/91/2/91_16-00015/_article
      Nishio, H, *Buzas DM, Nagano, AJ, Suzuki Y, Sugano S, Ito M, Morinaga SI, *Kudoh H. (2016) From the laboratory to the field: assaying histone methylation at FLOWERING LOCUS C in naturally growing Arabidopsis halleri. Genes and Genetics Systems, 91, 15-26.
      https://www.jstage.jst.go.jp/article/ggs/91/1/91_15-00071/_article
      プレスリリース
      Center for Ecological Research, University of Kyoto Newsletter No. 133, July 2016 *Buzas, DM, Ecological study of epigenetic memory of winter in crucifers

    藤井班

    松下班

    三浦班

    • -2017年-
      原著論文
      Shimatani, Z., Kashojiya, S., Takayama, M., Terada, R., Arazoe, T., Ishii, H., Teramura, H., Yamamoto, T., Komatsu, H., Miura, K., Ezura, H., Nishida, K., Ariizumi, T., and Kondo, A. (2017) Targeted base editing in rice and tomato using a CRISPR-Cas9 cytidine deaminase fusion. Nat. Biotechnol., 35, 441-443.
      http://www.nature.com/nbt/journal/v35/n5/abs/nbt.3833.html?lang=en
    • -2016年-
      原著論文
      Lin XL, Niu D, Hu ZL, Kim DH, Jin YH, Cai B, Liu P, Miura K, Yun DJ, Kim WY, Lin R, and *Jin JB (2016) An Arabidopsis SUMO E3 ligase, SIZ1 negatively regulates photomorphogenesis by promoting COP1 activity. PLoS Genet. 12, e1006016.
      http://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1006016
      *Kitajima, S., *Miura, K., Aoki, W., Yamato, K. T., Taira, T., Murakami, R., and Aburaya, S. (2016) Transcriptome and proteome analyses provide insight into laticifer's defense of Euphorbia tirucalli against pests. Plant Physiol. Biochem., 108, 434-446.
      https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27566924

    山口班

    • -2018年-
      原著論文
      Nishizawa-Yokoi, A. and *Yamaguchi, N. (2018) Gene expression and transcription factor binding tests using mutated-promoter reporter lines. Methods Mol. Biol., in press.
      Uemura, A., Yamaguchi, N., Xu, Y., Wee, W. Y., Ichihashi, Y., Suzuki, T., Shibata, A., Shirasu, K., and *Ito, T. (2018) Regulation of floral meristem activity through the interaction of AGAMOUS, SUPERMAN, and CLAVATA3 in Arabidopsis. Plant Reproduction, in press.