論文発表

1. Katsuki Sato, Yui Kanaoka, Tomoya Tsukazaki, Takayuki Uchihashi, and Takaharu Mori*, “Estimating protein conformational states from high-speed AFM images with molecular dynamics and deep learning”, J. Chem. Inf. Model. (in press).
2. Hidetaka Kohga*, Napathip Lertpreedakorn, Ryoji Miyazaki, Sixian Wu, Kaito Hosoda, Hiroyuki Tanaka, Yutaro S. Takahashi, Kunihito Yoshikaie, Yutetsu Kuruma, Hideki Shigematsu, Takaharu Mori*, and Tomoya Tsukazaki*, “Phage lysis protein LysM acts as a wedge to block MurJ conformational changes”, Science Advances, 11, eady8083 (2025).
3. Daisuke Matsuoka, Yuji Sugita, and Takaharu Mori*, “An empirical biasing force constant to minimize overfitting in cryo-EM flexible fitting refinement”, J. Chem. Inf. Model., 65, 9790–9799 (2025).
4. Yui Kanaoka, Takaharu Mori*, Wataru Nagaike, Seira Itaya, Yuto Nonaka, Hidetaka Kohga, Takamitsu Haruyama, Yasunori Sugano, Ryoji Miyazaki, Muneyoshi Ichikawa, Takayuki Uchihashi*, and Tomoya Tsukazaki*, “AFM observation of protein translocation mediated by one unit of SecYEG-SecA complex”, Nature Communications, 16, 225 (2025).
5. Jaewoon Jung, Kiyoshi Yagi, Cheng Tan, Hiraku Oshima, Takaharu Mori, Isseki Yu, Yasuhiro Matsunaga, Chigusa Kobayashi, Shingo Ito, Diego Ugarte La Torre, and Yuji Sugita*, “GENESIS 2.1: high-performance molecular dynamics software for enhanced sampling and free-energy calculations for atomistic, coarse-grained, and quantum mechanics/molecular mechanics models”, J. Phys. Chem. B, 128, 6028–6048 (2024).
6. Mai Ikei, Ryoji Miyazaki, Keigo Monden, Yusuke Naito, Azusa Takeuchi, Yutaro S. Takahashi, Yoshiki Tanaka, Keina Murata, Takaharu Mori, Muneyoshi Ichikawa*, and Tomoya Tsukazaki*, “YeeD is an essential partner for YeeE-mediated thiosulfate uptake in bacteria and regulates thiosulfate ion decomposition”, PLOS Biology, 22, e3002601 (2024).

学生の受賞

1. 2025/06/20 第25回日本蛋白質科学会年会 ポスター賞 M2 佐藤克樹
2. 2024/12/03 第38回分子シミュレーション討論会 学生優秀発表賞 M1 佐藤克樹
3. 2024/10/31 CBI学会2024年大会 ポスター賞 M1 佐藤克樹

開発したソフトウェアの公開

1. DeepAFM：分子動力学計算と深層学習によるタンパク質の高速原子間力顕微鏡画像解析

プレスリリース

1. ウイルス由来のペプチドが細菌の生命必須の装置を止める仕組みを解明 〜薬剤耐性菌克服への重要な手掛かり〜 奈良先端大プレスリリース (2025/10/06)
2. タンパク質分子が細胞膜を通り抜ける過程の可視化に成功 〜ナノスケールの生命活動の動的な分子メカニズムの解明に新たな道拓く〜 奈良先端大プレスリリース (2025/01/09)

競争的研究資金の獲得

1. 2025/04~2030/03 科研費 学術変革領域研究(A) 計画研究 (課題代表者：森貴治)
2. 2024/04~2028/03 科研費 基盤研究(B) (課題代表者：森貴治)
3. 2023/04~2024/03 科研費 学術変革領域研究(B) 計画研究 (課題代表者：森貴治)
4. 2023/04~2024/03 科研費 学術変革領域研究(B) 総括班 研究分担 (課題代表者：塚崎智也(奈良先端大))

競争的計算機資源の獲得

1. 2025/10~2026/09 HPCI スーパーコンピュータ「富岳」一般利用課題 重点分野 (課題代表者：森貴治)
2. 2024/10~2025/09 HPCI スーパーコンピュータ「富岳」一般利用課題 重点分野 (課題代表者：森貴治)
3. 2023/04~2026/03 「富岳」成果創出加速プログラム 研究分担 (課題代表者：松永康佑(埼玉大))

シンポジウムの主催

1. 2025/09/25 “Inferring Biomolecular Complex Structures Using Experimental Data”, The 63rd Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan, Nara (Organizers: Takaharu Mori, Florence Tama)