研究室風景
本研究室は理論系研究室であるため、薬品を扱うような Wet な実験は行いません。本研究室では、学生全員にノートPC (MacBook Air) とキーボードを研究用として貸し出しており、各学生は個人スペースに備え付けのモニターにノート PC を接続して、広い画面で日々研究に取り組んでいます。PC の操作には、主にターミナルと Unix/Linux コマンドを利用しています。議論スペースでは、教員と学生がお互いノート PC を持ち寄り、大型モニターで PC の画面を共有したり、ホワイトボードを使ったりしながら毎日活発な議論をしています。大型モニターは口頭発表の練習などにも使っています。また、教員が PC 画面を学生全員と共有することで、コンピュータやソフトウェアの利用に関する講習会も行っています。サーバールーム内に設置されているクラスター計算機は、研究室メンバーが遠隔操作で共同利用しています。
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| サーバールーム |
GPU搭載クラスター計算機 |
流し台周辺 |
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2023年 研究室立ち上げの様子
研究環境
本研究室では、主に分子動力学計算プログラム
GENESIS を用いて研究を行っています。これは教員が前職・理研時代から１０年以上にわたって開発メンバーの１人として作成に携わっているソフトウェアで、使い方に困ったときは教員に気軽に質問できます。以下に研究室で所有しているクラスター計算機を紹介します (名前は「帆船」が由来)。これらに加えて、
スーパーコンピュータ「富岳」や
分子研スパコンなどの外部の大型並列計算機も遠隔で利用しています。
- clipper：計264CPUコア + GPU 20枚
- Intel Xeon 24CPUコア + メモリ64GB + GTX 1080Ti 2枚 (8台)
- Intel Xeon 32CPUコア + メモリ96GB + RTX 2080Ti 2枚 (1台)
- Intel Xeon 40CPUコア + メモリ96GB + RTX 2080Ti 2枚 (1台)
- 高速ネットワーク InfiniBand FDR 接続
- frigate：計640CPUコア + メモリ2.5TB
- AMD EPYC 128CPUコア + メモリ512GB (5台)
- ギガビットイーサネット接続
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クラスター計算機の使い方（内部向け）
主な年間スケジュール
研究室に配属すると、最初は MD 計算に関する基礎的な理論やコンピュータ（端末としての Mac や研究室のクラスター計算機など）の使い方を学びます。研究室では毎週、教科書の輪読会や雑誌会、グループミーティングを行っています。特にグループミーティングでは、学生がシミュレーションに関する基本的な理論や研究対象に関して勉強したこと、研究の進捗などについて発表します。学部４年生は４月に研究テーマが決まり、最初の２ヶ月間はテーマ周辺の基礎勉強や調査を行い、５月下旬〜６月上旬に発表します（４年生最初の山場）。ゼミ合宿では、普段の研究生活から一旦離れて１泊２日で旅行に行きます。また、昼食会や飲み会なども随時開催しています。
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2024年度 夏のオープンキャンパスの様子
卒研配属を考えている学生さんへ
卒研配属にあたっては、あらかじめプログラミングスキルやコンピュータに関する高度な知識は要りません。森研究室への配属を考えている方には、まずは見学を通して、どのような環境や雰囲気の中で研究が行なわれているのかを是非知ってほしいと思います。研究室見学では、教員が席を外した状態で研究室メンバーとお話できる機会も設けられます。ぜひ気軽にご参加ください。見学の申し込みは、翌年度卒研配属希望者を対象に、
７月２０日〜１２月１０日の期間内でメールにて受け付けます。複数人での見学を希望される場合は、可能ならば２名でお越しください（教員個室内スペースの都合のため）。見学申し込み期間を過ぎた場合は、２月に開催される全研究室参加の「研究室紹介コーナー」の森研ブースに是非お越しください。具体的な研究テーマは１月に配布される「卒研のしおり」で紹介します。
学部４年での外部研修（外研）について
４年次の卒業研究における当研究室からの研修先として、以下の研究室にて研究を実施できる機会もあります。興味がある方は、まずは森まで相談をお願いします。なお、外部研修できる研究室や募集の有無は、年によって（先方の都合等により）変わる可能性があるため、相談は、翌年度卒研配属希望者を対象に
１２月１１日から受け付けます。
東京理科大学 理学部第一部化学科 森研究室
