東京理科大学 理学部第一部化学科 森研究室
研究室について
研究室風景

本研究室は理論系研究室であるため、薬品を扱うような Wet な実験は行いません。本研究室では、学生全員にノートPC (MacBook Air) とキーボードを研究用として貸し出しており、各学生は個人スペースに備え付けのモニターにノート PC を接続して、広い画面で日々研究に取り組んでいます。PC の操作には、主にターミナルと Unix/Linux コマンドを利用しています（２年次専門選択科目『電子計算機』でも習得できます）。議論スペースでは、教員と学生がお互いノート PC を持ち寄り、大型モニターで PC の画面を共有したり、ホワイトボードを使ったりしながら毎日活発な議論をしています。大型モニターは口頭発表の練習などにも使っています。サーバールーム内に設置されているクラスター計算機は、研究室メンバーが遠隔操作で共同利用しています。

全体風景 個人スペース 議論スペース

サーバールーム GPU搭載クラスター計算機 流し台周辺

※ 2023年 研究室立ち上げの様子


研究環境

本研究室では、主に分子動力学計算プログラム GENESIS を用いて研究を行っています。これは教員が前職・理研時代から１０年以上にわたって開発メンバーの１人として作成に携わっているソフトウェアで、使い方に困ったときは教員に気軽に質問できます。以下に研究室で所有しているクラスター計算機を紹介します (名前は「帆船」が由来)。これらに加えて、スーパーコンピュータ「富岳」や分子研スパコンなどの外部の大型並列計算機も遠隔で利用しています。
※ GENESIS は一般的な GUI ベースのアプリケーションではなく、Unix/Linux コマンドを用いて CLI で実行するソフトウェアです。３年次専門選択科目『特別化学実験』の A1 コースにおいて、実際に GENESIS の実行や研究室の計算機サーバの遠隔利用を体験でき、研究室選びの参考にもなると思います。


主な年間スケジュール

研究室では毎週、グループミーティングや教科書の輪読会を行っています。グループミーティングでは、主に最新の研究論文の紹介や、研究の進捗について発表します。４年生は研究室に配属すると、最初は教科書を渡されて「生化学」の復習から始め、輪読会でタンパク質に関する専門書を読み進めます。MD 計算に関する基礎的な理論は、大学院隔年開講科目『分子科学特論D』や、教員によるセミナー、教科書の輪読会などを通じて勉強します。また、Unix/Linux コマンドの習得のために、『電子計算機』の授業を場合によっては受講します。４月中旬までには研究テーマが決まり、渡された論文に基づきテーマ周辺の基礎勉強や調査を行い、５月下旬〜６月上旬にグループミーティングで発表します（４年生最初の山場）。３年次専門選択科目『分子細胞生物学』を受講しておくと研究内容に比較的とっつきやすくなるかもしれません。その後、GENESIS チュートリアルをやりながら研究室のクラスター計算機の使い方を学び、７月頃から本格的に研究開始となります。研究室のイベントとして、例年１０月頃に研究室旅行（１泊２日）が開催され、昼食会や飲み会なども定期的に行われています。

研究室・学内の行事 参加する可能性のある学会等
４月 ・席替え・研究室大掃除
・お花見・集合写真撮影
・歓迎会
５月 ・環境化学討論会発表申し込み
６月 ・院試勉強開始（２ヶ月） ・日本蛋白質科学会
７月 ・大学院推薦入試
・大学院一般入試		 ・環境化学討論会
８月 ・オープンキャンパス
・秋・冬の学会発表申し込み
９月 ・後期授業開始 ・分子シミュレーションスクール
・CSJ 化学フェスタ
・CBI 学会
・日本生物物理学会
・分子シミュレーション学会
・日本コンピュータ化学会
１０月 ・理学部第一部オープンキャンパス
・研究室旅行（１泊２日）
１１月 ・日本化学会発表申し込み
１２月 ・クリスマス会・研究室大掃除
１月 ・修論要旨提出
・卒論要旨提出
・修士論文提出
２月 ・修論発表会
・研究室紹介コーナー
・卒論発表会・打ち上げ 兼 送別会
・卒業論文提出
・日本蛋白質科学会発表申し込み
３月
・卒業式		 ・日本生物物理学会関東支部会

・日本化学会

※ 2024年度 夏のオープンキャンパスの様子


卒研配属を考えている学生さんへ

化学のみならず、生物、物理、計算、情報などの広範な分野にまたがる学際的研究に興味のある方を歓迎します。卒研配属にあたっては、あらかじめプログラミングスキルやコンピュータに関する高度な知識は要りません。森研究室への配属を考えている方には、まずは見学を通して、どのような環境や雰囲気の中で研究が行なわれているのかを知ってもらい、研究テーマだけで決めるのではなく、教員との相性も踏まえ、配属後の研究室生活を想像しながら総合的に判断してほしいと思います。研究室見学では、教員が席を外した状態で研究室メンバーとお話できる機会も設けられます。ぜひ気軽にご参加ください。研究内容の相談や見学の申し込みは、翌年度卒研配属希望者を対象に、７月２０日〜１２月１０日の期間内でメールにて受け付けます。複数人での見学を希望される場合は、可能ならば３名以下でお越しください（教員個室内スペースの都合のため）。なお、見学回数は一人１回のみでお願いします。見学申し込み期間を過ぎた場合は、２月中旬頃に開催される全研究室参加の「研究室紹介コーナー」の森研ブースに是非お越しください。具体的な研究テーマは１月に配布される「卒研のしおり」で紹介します。


学部４年での外部研修（外研）について

当研究室から外部への研修先として、下記の研究室にて「卒業研究」を実施できる機会があります。ただし、研修が可能かどうかは、年によって変わる可能性があるため、毎年募集を保証するものではないことにご留意ください。また、下記以外の研究室を選ぶことはできません。研修に関する相談は、翌年度卒研配属希望者を対象に１２月１１日から受け付けます。研修に興味がある方は、先方に直接コンタクトする前に、まずは森へ相談をお願いします。